作业样例

转自 ：http://nic.buaa.edu.cn/bhgs/hjhsybz/25449.htm

1、以太网作业脚本示例

以太网作业脚本样例

#!/bin/sh -f

#PBS -Ncpitest

#PBS -l nodes=2:ppn=8

#PBS -l walltime=03:00:00

#PBS -l mem=12mb

#PBS -q default

#PBS -j oe

#PBS -oresult.o

nprocs=`wc -l < $PBS_NODEFILE`

cd $PBS_O_WORKDIR

/usr/mpi/intel/openmpi-1.4.1/bin/mpirun -np $nprocs -machinefile $PBS_NODEFILE $PBS_O_WORKDIR/cpi

说明：

1.脚本中的粗红体部分可根据用户需要替换

2.如果使用上述脚本，源代码必须支持以太网的MPI编译环境编译连接，如mpicc、mpif77、mpif90等等。

3.#PBS-N后为当前作业的名字

4.#PBS-l nodes=指定了当前作业申请的资源，2:ppn=8表示使用2个计算节点，每个节点使用8个处理器。

5.#PBS-l walltime=指定了当前作业申请的计算时间，03:00:00表示该作业需要3小时运行时间，一旦超过该时间，作业将被终止。

6.#PBS-l mem=指定了当前作业估计申请的内存量。

7.#PBS-q指定了作业将被提交到的队列名。

8.$PBS_O_WORKDIR为OpenPBS的环境变量，表示当前作业的工作目录，即运行qsub命令提交作业脚本时用户所在的目录

9.cpi为例子中并行程序的名称，可替换其他程序。

10.#PBS -j oe表示标准错误输出(stderr)和标准输出(stdout)合并为stdout。

11.#PBS -o result.o表示将标准输出(stdout)到文件result.o，既运行结果查看result.o文件即可。

2、Infiniband网作业脚本示例

Infiniband网作业脚本样例，使用gnu编译器，MPI环境为mvapich-1.2.0

#!/bin/sh -f

#PBS -Nlinpacktest

#PBS -l nodes=20:ppn=8

#PBS -l walltime=03:00:00

#PBS -l mem=1024mb

#PBS -q default

#PBS -j oe

#PBS -oresult.o

nprocs=`wc -l < $PBS_NODEFILE`

cd $PBS_O_WORKDIR

/usr/mpi/intel/mvapich-1.2.0/bin/mpirun_rsh -np $nprocs -hostfile $PBS_NODEFILE $PBS_O_WORKDIR/xhpl

说明：

1.脚本中的粗体部分可根据用户需要替换。

2.脚本中以#PBS开头的各行的含义与上一个脚本相同。

3.xhpl为并行程序，可以按需替换其他程序。

4.需要注意区别使用Infiniband计算网的作业脚本mpirun_rsh的执行命令与使用以太网的作业脚本的mpirun执行命令以及其参数的不同。